يؤكد المؤيدون لعمليات معالجة الأطعمة بالطاقة المشعة إن هذه الطريقة تقتل الجراثيم والبكتيريا التي تسبب تسمم الأطعمة بدون أن تلحق ، نسبياً أذى بهذه الأطعمة .في المقابل ، يقول المعرضون أن العملية تدمّر الفيامينات والمواد المغذية ويمكن أن تحول المواد الكيميائية غير المضرة إلى جذر حرة مسببة للسرطان.
أحد خبراء معالجة الأغذية بالطاقة المشعة يقول أن القلق حول سلامة الطعام عال جداً طوال الوقت ، وإن هذا القلق تغذيه التقارير حول تزايد تسمم الأغذية .
والواقع أنه لا يمكن تجنب أن تحتوي بعض الأطعمة بعض الجراثيم ، وإن يكون بعض هذه الأخيرة مؤذياً ، مثل السلمونيلا . المعالجة بالطاقة المشعة تقدم طريقة فعالة للقضاء على الجراثيم بدون التأثير على الطعام . وقد أجريت دراسات مكثفة للتأكد من سلامة استخدامها على الطعام وصادقت عليها منظمة الصحة العالمية وسواها من الهيئات والمنظمات الدولية المعنية بهذا الشأن . تستخدم هذه الوسيلة بكثرة في العالم الغربي وخاصة مع الأعشاب والتوابل والدواجن والمأكولات البحرية . وثمة قوانين تضبط استخدامها والحدّ الأدنى لنوع المنتج قبل وبعد معالجته . ويشير الخبير إلى أن استخدام الأشعة لأكثر من 30 عاماً قد أثبتت أن الناس يمكنهم أن يستفيدوا من السلامة التي توفرها الأغذية المعالجة بالأشعة . في حين أنه لا يمكن قول الشيء ذاته عن الأغذية غير المعالجة ، ولاسيما الدجاج والهمبرغر .
هذا الرأي يقابله رأي خبير آخر من لجنة التغذية البريطانية يقول أن المعالجة بالأشعة تقتل فعلاً العديد من الجراثيم المسببة لتسمم الطعام ، وحشرات التخزين ومنع نموها .
ولكن ، كأي عمليات معالجة للأغذية لا بدّ أن تقل مما تحتويه من فيتامينات والتي تتلاشى أكثر عند الطهي . إن الطعام ليس إشعاعي النشاط بعد المعالجة ، ويبدو أن أي جذر حرة ناتجة عنه لا تحدث مواد كيميائية جديدة . لكن بعض الاختبارات تقيم علاقة بينه وبين الصحة السيئة . وقد تم تجاهل العلاقة من بعض الهيئات ، مثل منظمة الصحة العالمية ، على أنها حالات استثنائية ، أو رد العيب إلى الوجبة الغذائية ككل . ولم تدرس أي اختبارات ما يحصل عند إدخال طعام معالج إشعاعياً إلى وجبات غذائية لا قيمة غذائية فعلية لها .
ومن التحفظات الأخرى بشأن معالجة الطعام بالطاقة المشعة إمكانية استعمالها ، واستعمالها فعلاً ، لجعل الطعام الفاسد صالحاً للبيع .
إنما هناك بعض الفوائد للمستهلكين لجهة إطالة مدة صلاحية هذه الأغذية ، على الرغم من أن خبراء الصحة ينصحون بتناول الطازج منها . ويستنتج الخبير في النهاية أن لا داعي لركوب المخاطر ، لأن الطعام الجيد لا يحتاج إلى معالجة بالطاقة المشعة.